5月6日下午，叶芳在信河街住宅召集所属部队营以上干部开会，宣布起义。并且规定：当晚20时全城戒严，起义部队集中于驻地、防地，严守军纪；起义单位门口悬挂红灯，官兵一律臂佩白布条；除起义单位外，一律不准通电话、电报；严密封锁港口；保护物资，维持正常生产和社会秩序，电厂通宵照明。

同日傍晚，浙南游击纵队集中在周岙下宅坦的大草坪上，举行誓师大会。龙跃下达向温州进军的命令，数千人马加上随军干部与民兵，列成战斗队形挺进温州。周岙村乡亲们都提着竹篮，挎着布袋，里面装满麦饼、米饼、番薯丝等食品，为在此地集结的游击队战士们送行。7日凌晨，浙南游击纵队接管了温州城外的莲花心、翠微山、松台山等制高点。7日拂晓，部队分三路进入市区：一路由太平岭自西郊入城；一路由九山入城；一路由三角门、小南门入城。浙南游击纵队和叶芳部队按照协议分工，各自执行任务，进展顺利。不属于起义部队的国民党军事机关和零星敌军大都闻风丧胆，向浙南游击纵队缴械投降。唯驻在麻行僧街的国民党盐税警独立一中队对浙南游击纵队抵抗，当即被纵队包围缴械。浙保第四团驻温州的一个连企图抵抗，被起义部队缴了械，团长胡梦祥被俘。清晨，城内国民党重要机关，以及电厂、电讯单位和码头等，均被浙南游击纵队控制。随即，浙南游击纵队3发照明腾空而起，宣告温州全城解放。从此，温州城结束了国民党22年的反动统治，回到了人民手中。

浙南游击纵队入城后，严格执行党的城市政策，纪律严明，不拿群众一针一线，不仅民房，指战员们都在人行道或屋檐下休息。绝大部分居民不知道温州市一级发生了划时代的巨变，在安然的睡眠中度过了解放的时刻。等到人民发现满街都是穿蓝灰色军服，带八角帽的浙南游击纵队战士们时，全城沸腾起来了，群众奔走相告，以先睹我军军容为快。热情的群众围着我军指战员，问长问短，十分亲热，随军进城的纵队宣传队即分头进行宣传。温州城区地下党领导的工人、学生组织公开出动，张贴连夜赶写的标语，帮助张贴安明告示。临街商店住户纷纷挂起红旗，表示庆祝。有的商店临时买不到红布，就将国民党的国旗撕去蓝白两色悬挂出来。人们拥上接头，争看解放后城市的新面貌。

第二天，永嘉、瑞安老区群众组织的慰问队，抬着宰杀的猪羊和食品，敲锣打鼓，前来慰问子弟兵。整个城市喜气洋洋，军民都沉浸在胜利的欢乐之中，像过年一样。温州解放后，商店照常开门营业，学校照样上课，工厂照样开工，大批青年参加部队和干部训练班，浙南游击总队接管了国民党永嘉党部报纸《浙瓯日报》，将在游击区出版的《浙南周报》改为《浙南日报》出刊，加强思想宣传。

按照和平协定的决定，5月9日，永嘉自卫团团长罗道南率领自卫团开到瓯海中学操场集中，温州前线司令部副司令员周丕振宣布自卫团建制撤销，人员愿留者另行安排工作，要求回家的发给起义人员证件和遣散费，并鼓励他们服从人民政府的法令，安心生产，为建设新中国出力。

但在这喜庆的日子里，却有一股反动逆流在阴暗的角落里蠢动。早在3月间，国民党军统特务头子、保密局局长毛森来到温州，布置潜伏“应变”计划。毛森行动诡秘，封锁一切消息，只有国民党永嘉县戡乱大队大队长、后任八区保安司令部第二科（情报科）科长陈麟书在温州和平解放后却策划叛逃。5月9日，叶芳应邀在邱清华陪同下赴瑞安县桐溪与司令龙跃会晤。陈麟书趁机造谣离间，并勾结原新兵团团长、此时已被任命为浙南游击纵队第八支队长的叶醒尘叛逃。

5月10日，叶醒尘、陈麟书杀害游击纵队派到第八支队的政工人员李毓芳、应如源、章近勇，制造谣言如“叶芳已被中共扣押，回不来了”、“永嘉县自卫团被包围缴械，以后要轮到新兵团和独立团了”；“国民党第六兵团司令李延年率兵数万，已到丽水”再加上什么“美国兵准备在温州登陆、第三次世界大战即将爆发”等荒唐奇闻。他们于当晚率众叛逃，从蒲州状元桥一带渡江，窜至乐清磐石，企图从海上逃遁。

叶芳在瑞安街道叶圣尘率部叛逃的报告，便辞别龙跃，同邱清华率纵队一个大队火速赶回温州，并派自己的警卫营长乘汽艇驶往磐石，传令找回第八支队。第八支队的三位营长知道上当后，恪守叶芳手令，即率部约400人返回。但另有300多顽敌随叶醒尘等窜到平阳鳌江及瑞安梅头，被浙南游击纵队第一支队第三大队和当地武装缴械，仅叶醒尘、陈麟书等10余人下海逃走。

5月18日纵队司令部发出通告，公布纵队部分领导人的任命名单：第二副司令员叶芳、第一副政治委员邱清华、参谋长程美兴。

5月22日，地位和纵队司令部由瑞安迁至温州。一路上，塘河两岸凡有市镇和村落的地方，都站满欢送的人群。船队开抵小南门码头时，岸上人山人海，欢声雷动。具有光荣传统的温州中学、瓯海中学和永嘉中学等校的学校以及许多工人、市民，同自己的队伍肩并肩地进入市区，沿街站满欢迎的人群，战士唱着歌，乐队奏着雄壮的乐曲，人群中还不时响起阵阵掌声和欢呼声。温州各界人民在公共体育场举行了盛大的欢迎中国人民解放军浙南游击纵队进城大会，地委书记、纵队司令员兼政治委员龙跃和各界代表在会上作了热情洋溢的讲话，热烈庆祝温州解放，庆祝温州人民革命斗争的伟大胜利。